Ada, Adapp : la Bibliothèque HDF

Présentation

HDF signifie Hierarchical Data Format. C'est un format développé par le NCSA(National Center for Supercomputing Applications).

Disponibilité

Version disponible :

La version HDF5 1.8.9 est disponible sur Ada en séquentielle et en parallèle. Les fonctions HDF peuvent être appelées depuis des programmes écrits en C ou en Fortran.

Elles sont accessibles grâce à la commande module (nous vous recommandons de lire la documentation relative à ''module'' pour de plus amples détails :

    module load hdf5/seq (version séquentielle)    module load hdf5/mpi (version parallèle)

Utilisation

Exemple de compilation pour la version séquentielle :

  • avec la commande module :

    $ module load hdf5/seq
    $ mpiifort hdf_seq.f90 -o hdf_seq
  • ou sans la commande module :

    $ mpiifort hdf_seq.f90 -o hdf_seq -Bstatic 
       -I/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/seq/include 
       -L/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/seq/lib  
       -lhdf5hl_fortran -lhdf5_hl -lhdf5_fortran -lhdf5 -Bdynamic -lz

Exemple de compilation pour la version parallèle :

  • avec la commande module :

    $ module load hdf5/mpi
    $ mpiifort hdf_par.f90 -o hdf_par
  • ou sans la commande module :

    $ mpiifort hdf_par.f90 -o hdf_par -Bstatic  
       -I/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/include 
       -L/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/par/lib  
       -lhdf5hl_fortran -lhdf5_hl -lhdf5_fortran -lhdf5 -Bdynamic -lz
  • Remarque : avec la commande module, l'édition de liens est faite avec l'option -Bstatic. En absence d'option ou avec l' option -Bdynamic l'édition de liens est faite en mode dynamique, il est alors nécessaire d'ajouter dans le travail soumis en batch sur les nœuds de calcul la commande suivante :
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/seq/lib

Documentation