Ada : ADF

Présentation

Logiciel de chimie quantique entièrement fondé sur la méthode DFT (Density Functional Theory).

ADF est d'ailleurs l'acronyme de Amsterdam Density Functional.

La suite ADF comprend également le programme NMR (prédiction des propriétés RMN).

Disponibilité

Les versions disponibles sont :

  • 2012.01c
  • 2013.01c
  • 2014.05 (par défaut)
  • 2016.101
  • 2017.106

Le logiciel est disponible sur Ada en mode parallèle MPI.

Les utilisateurs de l'IDRIS peuvent accéder à l'ensemble des fichiers de ce logiciel (binaires, documentations et batteries de tests…).

Script de lancement

Attention, la version 2017.106 n'est pas compatible avec l'environnement parallel. Il est nécessaire d'utiliser mpich.

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

Version 2017.106 :

job2017.106.ll
# @ job_name         = ADF
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = mpich
# @ total_tasks      = 64
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load adf
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
./mon_script_adf > data.out

Version antérieures à 2017.106 :

job.ll
# @ job_name         = ADF
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 64
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load adf
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
./mon_script_adf > data.out

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

Version 2017.106 :

job2017.106.ll
# @ job_name         = run_adf
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = mpich
# @ total_tasks      = 4
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load adf
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
./mon_script_adf > data.out
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Version antérieures à 2017.106 :

job.ll
# @ job_name         = run_adf
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 4
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load adf
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
./mon_script_adf > data.out
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Ce travail est soumis à l'aide de la commande llsubmit :

llsubmit job.ll

Paramètres propres au logiciel

Un calcul ADF comprend plusieurs étapes qui sont généralement regroupées dans un script appelé ici mon_script_adf. Le détail des commandes nécessaires à une simulation ADF est fourni dans la documentation ADF.

Documentation

Le site officiel d'ADF est à l'adresse : http://www.scm.com/