Ada : CPMD

Présentation

Le logiciel CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) est installé à l'IDRIS sur la machine Ada.

Vous pouvez consulter le manuel du programme sur le site officiel de CPMD. Une version du manuel au format PDF y est aussi disponible.

Si vous faites une publication utilisant les résultats de CPMD, veuillez inclure la référence suivante : CPMD, http://www.cpmd.org/, Copyright IBM Corp 1990-2015, Copyright MPI für Festkörperforschung Stuttgart 1997-2001.

Disponibilité

Les numéros des versions disponibles sont :

  • 3.13.2
  • 3.15.3
  • 3.17.1 (version par défaut)
  • 4.1

Les versions parallèles hybrides OpenMP/MPI sont installées.

Script de lancement

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = CPMD
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 16
# @ parallel_threads = 4
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Lancement de Module ###
module load cpmd
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
poe cpmd.x fichier.input > fichier.out

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = CPMD
# @ job_type         = parallel
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ total_tasks      = 16
# @ parallel_threads = 4
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load cpmd
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
poe cpmd.x fichier.input > fichier.out
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Vous pouvez vous référer à la documentation sur la commande module.

Vous pouvez aussi vous référer à nos conseils plus généraux sur la soumission sur Ada d'un travail parallélisé avec MPI et OpenMP.

Paramètres propres au logiciel

Dans la version 3.17.1, le paramètre TASKGROUPS qui permettait de gérer le partage des processus MPI lorsque ces derniers sont en nombre important, devient CG_GROUPS. Ce paramètre n'est en principe utile que pour un nombre de processus supérieur à 256 environ.