Ada : Molpro

Présentation

Molpro est un logiciel de chimie quantique ab initio pour l'étude de la structure électronique des molécules. L'une des particularités de Molpro est la recherche d'une très haute précision dans les calculs portant sur les petites molécules, grâce à la prise en compte très poussée de la corrélation électronique (méthodes Multireference CI, Multiconfiguration SCF, Coupled Cluster, Full CI etc.). Cela dit, Molpro permet également d'effectuer d'autres types de calculs sur des molécules plus importantes, par exemple avec les méthodes de fonctionnelles de la densité. Molpro a été écrit par H.J. Werner de l'Institut für Theoretische Chemie de l'université de Stuttgart (Allemagne) et P.J. Knowles de la School of Chemistry de l'Université de Cardiff (Royaume Uni). Les publications  résultant de l'utilisation de l'un des programmes du logiciel Molpro doivent mentionner celui-ci selon la référence figurant dans le manuel de  l'utilisateur.

Disponibilité

Les numéros des versions disponibles sont :

  • 2010.1
  • 2012.1 (version par défaut)
    • max number of atoms = 200
    • max number of valence orbitals = 300
    • max number of basis functions = 2000
  • 2015.1

La version parallèle MPI est installée. À partir de la version 2015.1, l'environnement “parallel” et poe ne peuvent plus être utilisés. Il est nécessaire d'utiliser l'environnement “mpich” et mpirun.

Script de lancement

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR pour les versions à partir de 2015.1 :

job.ll
# @ job_name         = Molpro
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ job_type         = mpich
# @ total_tasks      = 16
# @ environment = NTASKS=$(total_tasks)
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load molpro/2015.1
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
mpirun -np $NTASKS molpro h2o_vdz.test

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR pour les versions antérieures à 2015.1:

job.ll
# @ job_name         = Molpro
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 16
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load molpro
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
poe molpro h2o_vdz.test

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR pour les versions à partir de 2015.1 :

job.ll
# @ job_name         = Molpro
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ job_type         = mpich
# @ total_tasks      = 16
# @ environment = NTASKS=$(total_tasks)
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load molpro/2015.1
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
mpirun -np $NTASKS molpro h2o_vdz.test
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR pour les versions antérieures à 2015.1:

job.ll
# @ job_name         = Molpro
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 16
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load molpro
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
poe molpro h2o_vdz.test
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Remarque : Pour information, si l'on désire un nom différent que le nom par défaut pour le fichier de résultats, on précisera l'option -o :
poe molpro h2o_vdz.test -o h2o_vdz.sortie (version antérieures à 2015.1)
mpirun -np $NTASKS molpro h2o_vdz.test -o h2o_vdz.sortie (à partir de la version 2015.1)

Documentation

  • Manuel de référence, quickstart, mises à jours (version 2012.1),
  • Serveur Web officiel de Molpro est à l'URL : http://www.molpro.net