Ada : NAMD

Présentation

NAMD est un logiciel de dynamique moléculaire classique. Il permet des simulations haute performance de systèmes biomoléculaires de taille importante.

Disponibilité

Les versions disponibles sont :

  • 2.8
  • 2.9 (par défaut)

Le logiciel est disponible sur Ada en mode parallèle MPI.

Script de lancement

Pour avoir la liste des versions disponibles :

module avail namd

Pour charger une version particulière :

module load namd/2.9

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = NAMD
# @ job_type         = parallel
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(output)
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ total_tasks      = 64
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load namd/2.9
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
poe namd2 apoa1.namd

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = NAMD
# @ job_type         = parallel
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(output)
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ total_tasks      = 64
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load namd/2.9
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
poe namd2 apoa1.namd
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

La soumission se fait, en supposant que le fichier de soumission s'appelle job.ll, via la commande :

llsubmit job.ll

Documentation