Ada : NWChem

Présentation

NWChem : Northwest Computational Chemistry Package. Logiciel de calcul ab initio en chimie. Il comprend des fonctionnalités en chimie quantique et en dynamique moléculaire. C'est un logiciel libre développé au Pacific Norwest National Laboratory, Richland, état de Washington, États-Unis d'Amérique.

NWChem permet la modélisation des systèmes moléculaires dont les biomolécules, les nanostructures, des complexes d'actinides et des matériaux. Il propose une vaste gamme de méthodes de chimie en calcul parallèle hautement extensible impliquées dans les processus des réactions chimiques qui se produisent dans la nature comme la photosynthèse, les fonctions des protéines, et la combustion, pour n'en nommer que quelques-uns. Elles comprennent une multitude de méthodes hautement corrélées, la théorie de la densité fonctionnelle (DFT) avec un vaste ensemble de fonctionnelles d'échange-corrélation, la théorie de la fonctionnelle densité dépendante du temps (TDDFT), les ondes planes de type DFT et Car-Parrinello, la dynamique moléculaire avec AMBER et les champs de force de CHARMM, et des combinaisons d'entre eux.

Si vous utilisez ce logiciel pour vos recherches publiées, vous devez indiquer la référence suivante :
M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong, “NWChem: a comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations”, Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010).

Disponibilité

Les versions disponibles sont :

  • 6.1.1 (version par défaut)
  • 6.3

Le logiciel est disponible sur Ada en mode parallèle MPI.

Script de lancement

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = job
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 64
# @ wall_clock_limit = 10:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load nwchem/6.3
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
poe nwchem input.nw

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = NWChem
# @ output           = $(job_name).o$(jobid)
# @ error            = $(output)
# @ job_type         = parallel
# @ total_tasks      = 16
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load nwchem
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
poe nwchem input.nw
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Paramètres propres au logiciel

Gestion mémoire

Dans le fichier input.nw contenant le système à calculer ainsi que les paramètres de calcul, la première ligne doit désigner la quantité de mémoire à allouer par processus. Sur Ada, et pour la plupart des calculs, la mémoire disponible sur les nœuds “standards” est suffisante. Il faut alors indiquer dans le fichier input.nw :

memory total 3300 mb

Note : la quantité de mémoire doit être indiquée en méga (mb) et non en giga, sinon la demande n'est pas considérée.

Si la mémoire n'est pas suffisante, vous pouvez soit utiliser plus de cœurs de calcul si la taille de votre système le permet, soit augmenter la demande de mémoire. Le calcul s'effectuera alors sur les nœuds à mémoire large de Ada. Dans ce cas, il faut indiquer dans le script de lancement la directive :

# @ as_limit = 7.0 Gb

et dans le fichier input.nw :

memory total 6800 mb

Documentations et liens