Adapp : le logiciel VESTA

Présentation

VESTA est un programme de visualisation 3D pour les structures chimiques, données volumétriques telles que la densité électronique, et les morphologies cristallines.

Il accepte de nombreux formats, dont entre-autres les fichiers VASP POSCAR, CONTCAR, CHGCAR et LOCPOT, les fichiers .xyz et .cif, les fichiers Cube, etc.

La documentation est disponible sur le site officiel de VESTA.

Si vous utilisez ce logiciel pour une publication, vous devez citer la référence :
K. Momma and F. Izumi, “VESTA 3 for three-dimensional visualization of crystal, volumetric and morphology data”, J. Appl. Crystallogr., 44, 1272-1276 (2011).

Disponibilité

La version 3.1.7 est disponible sur Adapp.

Utilisation

Avant l'utilisation du logiciel, il est nécessaire d'activer l'affichage X entre Adapp et votre machine locale. Pour ce faire, connectez vous sur Adapp par la commande : ssh -X votre_login@adapp.idris.fr.

Depuis Adapp, placez-vous dans le dossier contenant votre fichier à visualiser, puis lancez les commandes :

$ module load vesta
$ VESTA `pwd`/POSCAR     # par exemple pour visualiser le fichier POSCAR

VESTA s'ouvre alors directement avec votre fichier. Pour en ouvrir un autre (autre structure ou données à ajouter), vous pouvez le faire directement depuis l'interface de VESTA.

Il est déconseillé de lancer VESTA sans ouvrir de fichier car l'arborescence devra être reconstituée lors de l'ouverture par le menu, ce qui est très peu pratique.