Exécution d'un travail séquentiel en batch

Les travaux sont gerés sur l'ensemble des noeuds par le logiciel LoadLeveler.
Ils sont répartis après soumission dans des "classes". Vous pouvez consulter ici les limites des classes sur Ulam.

Exemple simple de soumission

Pour soumettre un travail en batch sur Ulam, il faut :

1. Créer un script de soumission. Voici un exemple stocké dans le fichier prog.ll :

   ulam : more prog.ll
   # Temps Elapsed max. d'une requete hh:mm:ss (0h30mn ici)
   # @ wall_clock_limit = 0:30:00
   # Memoire requise (max de 8Go)
   # @ as_limit = 4gb
   # Nom du travail LoadLeveler
   # @ job_name   = Sortie   
   # Fichier de sortie standard du travail       
   # @ output     = $(job_name).$(jobid)
   # Fichier de sortie d'erreur du travail
   # @ error      =  $(job_name).$(jobid)
   # pour recevoir un mail en cas de depassement du temps Elapsed (ou autre pb.)
   # @ notification = error
   # @ queue                   
   
   # Pour avoir l'echo des commandes
   set -x
   
   # On se place dans le repertoire temporaire TMPDIR
   cd $TMPDIR
   
   # La variable LOADL_STEP_INITDIR est automatiquement positionnee par 
   # LoadLeveler au repertoire dans lequel on tape la commande llsubmit
   cp $LOADL_STEP_INITDIR/a.out .
   
   # Execution du programme
   ./a.out
   
   ls -lrt
   

2. Soumettre ce script via la commande llsubmit :

   ulam : llsubmit prog.ll
   

Remarques

• Dans cet exemple, on suppose que l'exécutable a.out se situe dans le répertoire de soumission, c'est-à-dire le répertoire dans lequel on entre la commande llsubmit (la variable LOADL_STEP_INITDIR est automatiquement valorisée par LoadLeveler).
• Le fichier de sortie du calcul Sortie.numero_job se trouve également dans le répertoire de soumission. Il est créé dès le début de l'exécution du travail; l'éditer ou le modifier pendant le déroulement du travail peut perturber celui-ci.

Mots-clefs LoadLeveler utiles

• notification

  Le mot-clef LoadLeveler notification peut être utilisé pour recevoir un message.
  notification = complete génère un mail en fin de travail;
  notification = all au démarrage et à la fin d'un travail.
  Ces mails sont le seul moyen de récupérer éventuellement un message d'erreur du type WALL CLOCK limit exceeded.
  Nous recommandons de n'utiliser que notification = error pour ne genérer un message qu'en cas de problème.

• as_limit

  Le mot-clef LoadLeveler as_limit permet de spécifier une taille mémoire inférieure à la limite par défaut de 4 Gb. Pensez à coder au plus juste la mémoire afin de permettre une meilleure répartition des requètes batch. La directive s'utilise de la façon suivante :

# @ as_limit = 2gb

© CNRS - IDRIS, 23/04/2012