Voici un exemple de soumission pour exécuter NAMD sur 1024 processus en mode VN. La soumission se fait, en supposant que le fichier de soumission s'appelle NAMD_1024.ll, via la commande :
llsubmit NAMD_1024.ll
Le fichier de soumission contient les lignes suivantes :
# @ job_name = NAMD_1024 # @ job_type = BLUEGENE # @ output = $(job_name).$(jobid) # @ error = $(output) # @ wall_clock_limit = 1:00:00 # @ bg_size = 256 # @ queue set -x cd $TMPDIR #Copies des fichiers d'entrees dans le repertoire TMPDIR cp $WORKDIR/NAMD/APOA1/apoa1.namd . cp $WORKDIR/NAMD/APOA1/apoa1.psf . cp $WORKDIR/NAMD/APOA1/apoa1.pdb . cp $WORKDIR/NAMD/APOA1/par_all22_popc.xplor . cp $WORKDIR/NAMD/APOA1/par_all22_prot_lipid.xplor . module load namd # Pour specifier le PATH de l'executable utiliser la variable d'environnement # NAMD_EXEDIR definit par le module via $NAMD_EXEDIR/namd2 # Execution en mode VN sur 1024 processus (bg_size*4 processus en mode VNL) mpirun -mode VN -np 1024 -env "BG_MAXALIGNEXP=-1" -exe $NAMD_EXEDIR/namd2 -args "apoa1.namd" ls -lrt #Recopie des fichiers de sortie cp apoa1-out* $workdir/NAMD/APOA1/