Les versions 3.13.1, 3.13.2 et 3.15.1 du logiciel CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) sont installées sur Babel.
Vous pouvez consulter le manuel du programme sur le site officiel de CPMD. Une version du manuel au format PDF y est aussi disponible.
Vous avez le choix entre deux exécutables :
| Fichier exécutable | Description | Modes d'exécution conseillés |
|---|---|---|
cpmd_MPI |
parallélisé avec MPI seulement | VN |
cpmd_MPI_OMP |
parallélisé avec MPI et OpenMP | DUAL, SMP |
Les exécutables sont accessibles grâce à la commande module
module load cpmd
Pour utiliser la version 3.15.1 à la place de la 3.13.2 (qui est la version par défaut), utilisez la commande :
module load cpmd/3.15.1
Voici un example de fichier de soumission pour CPMD :
# Nom du travail LoadLeveler
# @ job_name = cpmd
# @ job_type = BLUEGENE
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# @ error = $(job_name).$(jobid)
# @ bg_size = 64
# @ wall_clock_limit = 01:00:00
# @ queue
# Pour avoir l'echo des commandes
set -x
module load cpmd
# Attention mpirun sur babel ne connait pas le PATH, il faut donc specifier le chemin en entier
# CPMD_EXEDIR est definit par module
mpirun -mode VN -np 256 -mapfile TXYZ -exe ${CPMD_EXEDIR}/cpmd_MPI -args "fichier_entree.in"
Le répertoire /bglocal/prod/CPMD/3.13.2/PPLIBNEW, qui fait partie de la distribution du logiciel, contient des fichiers de pseudo-potentiel.
Si vous faites une publication utilisant les résultats de CPMD, veuillez inclure la référence suivante : "CPMD V3.13, copyright INTERNATIONAL BUSINESS MACHINES CORPORATION (1990-2008) and MAX PLANCK INSTTUTE FUER FESTKOERPERFORSCHUNG STUTTGART (1995-2001)".