ABINIT
Table des matières :
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Présentation
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Abinit est un logiciel de chimie quantique fondé sur la méthode
DFT (Density Functional Theory).
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Il est développé par Xavier Gonze et Jean-Michel Beuken de
l'unité de Physico-Chimie et de Physique des Matériaux de
l'Université Catholique de Louvain, en Belgique. L'exécutable
séquentiel d'Abinit s'appelle abinis. Une version parallèle
de cet exécutable a été écrite à l'aide
de la bibliothèque MPI (Message Passing Interface) et s'appelle
abinip.
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Disponibilité/Utilisation
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La version 5.7.3 est disponible sur la machine IBM Power6 (Vargas) en modes
séquentiel (adressage 64 bits) et parallèle (adressage 64
bits).
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Les pseudopotentiels ne sont pas fournis directement avec le package du
code. On les trouve sur le
site Web du logiciel ABINIT.
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Les utilisateurs de l'IDRIS peuvent accéder aux
binaires, à la documentation, à une batterie de tests.
Documentation
Distribution
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Sur les machines de l'IDRIS, pour utiliser un produit vous devez utiliser la commande module.
Pour utiliser ABINIT, la commande est :
module load abinit
Les exécutables
abinis
(pour un code séquentiel) et abinip (pour un code parallèle)
sont disponibles.
Utilisation du logiciel
ABINIT
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Fichiers de données
ABINIT
Il faut préparer un fichier qui contiendra les noms des fichiers
de données et de sortie ainsi que le chemin et le nom du fichier
contenant les pseudopotentiels.
On l'appelle "test.files" . Il se présente comme suit
:
test.in
test.out
testi
testo
test
14si.pspgth
Si ce fichier n'est pas présent en argument de l'exécutable,
le code vous posera les questions directement à l'écran (ce
qu'il ne faut pas faire en "batch" !).
Il faut fournir un fichier de données spécifiant le cas
chimique que vous souhaitez faire tourner. Comme précisé
dans le fichier "test.files" ci-dessus, il devra être nommer
"test.in". Il fonctionne à l'aide de mots-clefs. Vous trouverez
une explication du contenu de ce fichier dans le document "Infos/new_user_guide.htm"
ainsi que le détail de tous les mots-clefs dans le document "Infos/heyhr.htm".
Dans un premier temps, vous pouvez vous inspirer des fichiers de données
présents dans les répertoires de tests "Test_in" ou
"Test_paral".
Il faut fournir une base de pseudopotentiels en donnant le nom du fichier
la contenant ainsi que le chemin éventuel pour y accéder
depuis l'endroit d'où vous lancez l'exécution. On rappelle
que des ensembles complets de pseudopotentiels "prêts à l'emploi"
pour tout le tableau périodique sont disponibles sur le site Web
du logiciel ABINIT .
Le lancement d'un
calcul en interactif
en mode séquentiel
abinis < test1.files
en mode parallèle
abinip < test1.files
où l'opérateur "<" sert à associer des données
à la commande d'exécution.
Si vous souhaitez rediriger les sorties standards à l'écran
dans un fichier, vous pouvez utiliser l'opérateur de redirection
">".
en mode séquentiel
abinis < test1.files > test1.log
en mode parallèle
abinip < ab.files -procs 4
Le lancement d'un calcul
en batch
On pourra se référer aux documents généraux
traitant de l'execution en interactif ou en batch des codes.
www.idris.fr -> Support technique -> Calcul scalaire -> Vargas
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