Vargas : ADF

Présentation

Logiciel de chimie quantique entièrement fondé sur la méthode DFT (Density Functional Theory).

ADF est d'ailleurs l'acronyme de Amsterdam Density Functional.

La suite ADF comprend également le programme NMR (prédiction des propriétés RMN).  

Disponibilité

• 2009.01b
• 2010.01 (par défaut)

Elle est disponible sur l'IBM Power6 (Vargas) en mode parallèle MPI.

Les utilisateurs de l'IDRIS peuvent accéder à l'ensemble des fichiers de ce logiciel (binaires, documentations et batteries de tests...).

Documentation

Le serveur Web officiel d'ADF est à l'URL : http://www.scm.com/

Pour plus de renseignements, vous pouvez nous contacter par messagerie électronique: ().

Comment utiliser ADF à l'IDRIS

Le chargement de l'environnement ADF se fait via la commande module :

module load adf

Pour accéder à une version spécifique (par exemple 2009.01b) :

module load adf/2009.01b

Il reste à positionner la variable d'environnement NSCM qui correspond au nombre de processus dans le cas d'une utilisation en parallèle.

• En Interactif :
  Sur Vargas, l'utilisation en interactif est possible pour des petits tests. Voici un exemple utilisant 2 processus :

  module load adf
  export MP_PROCS=2
  export NSCM=2
  mon_script_adf > data.out
    

• Traitement par lots (batch) :
  Dès que l'on voudra effectuer un calcul plus réaliste, en raison des limites en temps CPU, en mémoire et en  place disque du mode interactif, il faudra soumettre en batch.
  Voici un exemple de script à préparer pour soumettre un travail ADF sur Vargas (dans notre exemple le fichier se nomme job_adf).

  Vargas : more job_adf
  # Type de travail
  # @ job_type = parallel
  # Nombre de processus demandé (ici 4)
  # @ total_tasks = 4
  # Temps elapsed max. pour l'ensemble du job en s
  # @ wall_clock_limit = 01:00:00
  # Mémoire max. utilisée par processus (ici 3,2 Gigaoctets)
  # @ data_limit = 3.2gb
  # Nom du travail LoadLeveler
  # @ job_name     = Sortie
  # Fichier de sortie standard du travail
  # @ output       = $(job_name).$(jobid)
  # Fichier de sortie d'erreur du travail
  # @ error        =  $(job_name).$(jobid)
  # @ queue
  # Mode "bavard" du ksh
  
  # Pour avoir l'écho des commandes
  set -x
  
  module load adf
  
  # Attention : NSCM doit etre egal a total_tasks
  export NSCM=4
  
  # On se place dans le répertoire temporaire TMPDIR
  cd ${TMPDIR}
  
  # Copie dans le TMPDIR les fichiers d'entrée situés
  # dans le répertoire de soumission du job.
  cp ${LOADL_STEP_INITDIR}/mon_script_adf ./mon_script_adf
  # Exemple de soumission du script mon_script_adf
  ./mon_script_adf > data.out
  # Liste les fichiers du répertoire de travail
  ls -rtl
  # Recopie le ou les fichiers de sortie dans le repertoire
  # de soumission
  cp data.out ${LOADL_STEP_INITDIR}
  

  Le nombre de processus pour ADF est indiqué via la variable d'environnement NSCM. Ici NSCM est valorisé à 4 pour une exécution sur 4 processus (# @ total_tasks = 4).
  Ce travail est soumis à l'aide de la commande llsubmit :

  Vargas : llsubmit job_adf
  

  Un calcul ADF comprend plusieurs étapes qui sont généralement regroupées dans un script appelé ici mon_script_adf. Le détail des commandes nécessaires à une simulation ADF est fourni dans la documentation ADF.

© CNRS - IDRIS, 13/01/2012