CP2K à l'IDRIS

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CP2K est un logiciel libre (GPL), ecrit en Fortran 95 sans version de référence officielle. Ce produit est modifié en permanence sur le site cp2k.berlios.de. Ce pourquoi nous nous référons à une date de prise en compte des sources.

Ce logiciel de chimie réalise des simulations atomiques et moléculaires dans différents états (solide, liquide...) au moyen de méthodologies variées (DFT, GPW, classical pair potentials...).

Le logiciel CP2K est installé à l'IDRIS sur la machine Vargas. La date des sources par defaut est juin 2010 mais d'autres versions existent. Faire "module avail cp2k" pour consulter tout le potentiel!

Le programme a été compilé en mode d'adressage 64 bits pour deux types d'executions:

Fichier exécutable Description
cp2k.sopt séquentiel
cp2k.popt parallèle

Ces exécutables sont dans le répertoire /usr/local/pub/CP2K/2010.06.10/bin. Ils peuvent être atteints par ce chemin absolu mais peuvent aussi avantageusement être identifiés grâce à votre variable d'environnement PATH en utilisant la commande module : module load cp2k

Exemples de lancement en interactif

L'exemple proposé est extrait des tests de régression de la version courante du code regtest. Il est constitué par un fichier d'entrée succédant l'appel au code H2O.inp. Ce fichier d'entrée fait a son tour appel a d'autres fichiers qui doivent etre presents lors du run: POTENTIAL, BASIS_MOLOPT.

Pour procéder à cet essai,rapatrier l'ensemble de ces fichiers par exemple sous le $WORKDIR. Si vous avez deja tapé  :

module load cp2k
Vous serez dispensé de préciser le chemin absolu de l'executable pour l'appeler.

Pour lancer l'exécution du programme séquentiel en interactif, tapez :

cd $WORKDIR
cp2k.sopt H2O.inp

Pour lancer l'exécution du programme parallèle en interactif, tapez :

cd $workdir
export MP_PROCS=2
cp2k.popt H2O.inp

Exemples de soumission en queue (batch)

Utilisez les cartes job_seq et job_par respectivement pour les travaux sequentiels et parallèles, en effectuant la commande :

llsubmit job_xxx
© CNRS - IDRIS, 13/01/2012