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Le logiciel CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) est installé à l'IDRIS sur la machine Vargas. Les numéros des versions disponibles sont :
Vous pouvez consulter le manuel du programme sur le site officiel de CPMD. Une version du manuel au format PDF y est aussi disponible.
Vous avez le choix entre quatre exécutables :
| Fichier exécutable | Description | |
|---|---|---|
cpmd_seq |
séquentiel | |
cpmd_OMP |
parallélisé avec OpenMP seulement (non disponible en version 3.13.1) | |
cpmd_MPI |
parallélisé avec MPI seulement | |
cpmd_MPI_OMP |
parallélisé avec MPI et OpenMP (non disponible en version 3.13.1) |
Ces exécutables sont accessibles grâce à la commande :
module load cpmd
Pour utiliser la version 3.15.1 à la place de la 3.13.2 (qui est la version par défaut), utilisez la commande :
module load cpmd/3.15.1
Si vous faites une publication utilisant les résultats de CPMD, veuillez inclure la référence suivante : "CPMD V3.13, copyright INTERNATIONAL BUSINESS MACHINES CORPORATION (1990-2008) and MAX PLANCK INSTTUTE FUER FESTKOERPERFORSCHUNG STUTTGART (1995-2001)" (à adapter à la version utilisée).
Cf. le manuel, partie
Running CPMD. Chaque exécution de CPMD est pilotée par un
fichier d'entrée. La syntaxe de ce fichier est décrite dans le
manuel, partie
Input File Reference et suivantes. Supposons que le fichier
d'entrée s'appelle, par exemple, file.in.
Pour lancer l'exécution du programme séquentiel en interactif, tapez :
cd $workdir module load cpmd cpmd_seq $home/file.in
Si vous voulez utiliser la parallélisation avec MPI, choisissez le nombre de processus MPI avec la variable d'environnement MP_PROCS. Par exemple avec 2 processus :
cd $workdir module load cpmd export MP_PROCS=2 cpmd_MPI $home/file.in
Voici des exemples de soumission du programme : séquentiel, parallélisé avec MPI, parallélisé avec OpenMP et parallélisé avec MPI et OpenMP. .
Vous pouvez aussi vous référer à nos conseils plus généraux sur la soumission en queue sur Vargas d'un travail séquentiel, parallélisé avec MPI seulement, parallélisé avec OpenMP seulement et parallélisé avec MPI et OpenMP.