CRYSTAL06

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Présentation

CRYSTAL06 : Logiciel de chimie quantique ab initio.

Disponibilité

Sur Vargas : la version 1.0.2 est installée.
Trois exécutables sont disponibles : la version standard (sous le nom crystal), une version parallèle (sous le nom Pcrystal) et l'utilitaire properties.

Les scripts de lancement runcry06 et runprop06 sont disponibles.

Attention : pour positionner les variables necessaires au démarrage de CRYSTAL, il faut utiliser la commande module load crystal06
adaptée à l'environnement de Vargas et non pluss les scripts cry2k6.bashrc ou cry2k6.cshrc.
Enfin, pour de simplifier l'installation, la copie de l'ensemble des utilitaires et autres fichiers de tests n'a pas été faite; en cas de besoin spécifique, contactez l'assistance de l'IDRIS ().

Utilisation

Les scripts de lancement fournis avec CRYSTAL ont été simplifiés; ils sont remplacés par la commande module suivante : 
module load crystal06
Cette commande est indispensable, en interactif comme en batch, pour positionner les varaibles d'environnement nécessaires au démarrage de CRYSTAL.
En particulier, la variable CRY2K6_SCRDIR qui définit l'emplacement des fichiers de calcul temporaires est positionnée automatiquement dans le TMPDIR, afin d'éviter toute interaction avec un problème de dépassement de quota sur le HOME ou le WORKDIR.

Voici un exemple de script de soumission LoadLeveler pour Vargas : 

Vargas : more job_crystal

# Nom arbitraire du travail LoadLeveler
# @ job_name = crystal06
# Type de travail
# @ job_type = parallel
# Fichier de sortie standard du travail
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# Fichier de sortie d'erreur du travail
# @ error =  $(job_name).$(jobid)
# Temps elapsed max. pour l'ensemble du job hh:mm:ss (0h30mn ici)
# @ wall_clock_limit = 0:30:00
# Mémoire max. utilisée par processus (ici 3,2 Gigaoctets)
# @ data_limit = 3.2gb
# Nombre de processus demandé (ici 8)
# @ total_tasks = 8
# @ queue

# Pour avoir l'écho des commandes
set -x

# Répertoire temporaire de travail
cd $TMPDIR

# Copie dans le TMPDIR le ou les fichiers d'entrée situés
# dans le répertoire de soumission du job.
# Attention : ceci est un exemple. Verifiez que tous les
# fichiers necessaires sont bien recopies.

cp $LOADL_STEP_INITDIR/*.d3 .
cp $LOADL_STEP_INITDIR/*.d12 .

# Liste les fichiers du répertoire de travail
ls -alrt

# Chargement du module
module load crystal

# Appel de CRYSTAL06 ; avec ce script inutile de preciser les suffixes
runcry06 fic_entree

# Liste les fichiers du répertoire de travail
ls -rtl

# Recopie le ou les fichiers de sortie dans le
# repertoire de soumission
cp *.out $LOADL_STEP_INITDIR

Documentation

La documentation se trouve sur le site de CRYSTAL. Celui-ci évolue en permanence, aussi est-il possible que la documentation d'une version plus récente complète celle de la version courante à l'IDRIS.

© CNRS-IDRIS 2012