Le logiciel GROMACS est installé à l'IDRIS sur la machine Vargas. Les numéros des versions disponibles sont 3.3.3, 4.0.3, 4.0.5, 4.5.3 et 4.5.4.
La documentation est diposnible sur le site officiel de GROMACS
Les exécutables sont accessibles grâce à la commande module
module load gromacsPour utiliser la version 3.3.3 à la place de la 4.0.5 (qui est la version par défaut), utilisez la commande :
module load gromacs/3.3.3
et
module load gromacs/4.0.3pour utiliser la version 4.0.3.
La version 4.5.3 a été partiellement validée. La version 4.5.4 a été installée le 05/03/2011.
Tout retour d'expérience concernant ces deux dernières versions est le bienvenu.
Voici un exemple de fichier de soumission pour GROMACS :
# Nom du travail LoadLeveler
# @ job_name = gromacs
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# @ error = $(job_name).$(jobid)
# Execution parallele sur 8 coeurs
# @ job_type = parallel
# @ total_tasks = 8
# pour recevoir un mail en cas de time limit exceeded (ou autre pb.)
# @ notification = complete
# limite de temps elapsed
# @ wall_clock_limit = 01:00:00
# limite memoire
# @ data_limit = 3.2GB
# @ queue
# Pour avoir l'echo des commandes
set -x
# Indispensable pour trouver mdrun
module load gromacs
# Execution du programme MPI
mdrun -s example.tpr