Molpro

Présentation

Molpro est un logiciel de chimie quantique ab initio pour l'étude de la structure électronique des molécules. L'une des particularités de Molpro est la recherche d'une très haute précision dans les calculs portant sur les petites molécules, grâce à la prise en compte très poussée de la corrélation électronique (méthodes Multireference CI, Multiconfiguration SCF, Coupled Cluster, Full CI etc.). Cela dit, Molpro permet également d'effectuer d'autres types de calculs sur des molécules plus importantes, par exemple avec les méthodes de fonctionnelles de la densité. Molpro a été écrit par H.J. Werner de l'Institut für Theoretische Chemie de l'université de Stuttgart (Allemagne) et P.J. Knowles de la School of Chemistry de l'Université de Cardiff (Royaume Uni). Les publications résultant de l'utilisation de l'un des programmes du logiciel Molpro doivent mentionner celui-ci selon la référence figurant dans le manuel de l'utilisateur.

Documentation

Manuel de référence, quickstart, mises à jours (version 2010.1/html),
Serveur Web officiel de Molpro est à l'URL : http://www.molpro.net

Version Molpro/2010.1

max number of atoms = 200
max number of valence orbitals = 300
max number of basis functions = 2000

Distribution

Le répertoire d'installation de cette version de Molpro est
/usr/local/prod/Molpro/2010.1/
On y trouve entre autres les sous-répertoires suivants :

bin : contient notamment l'exécutable molpro
doc : contient les documentations disponibles
examples : répertoire contenant des exemples d'utilisation de Molpro (fichiers dont le nom est de la forme *.com ) avec les sorties de référence correspondantes (fichiers dont le nom est de la forme *.out ) . Le but de ces exemples est d'illustrer les possibilités de Molpro.
lib : répertoire contenant les données fondamentales pour l'utilisation de Molpro : bases, pseudo-potentiels, coefficients polynomiaux etc.

Utilisation de Molpro

Les fichiers de données suivent une syntaxe reconnue par Molpro. Un tel fichier de données sera nommé par exemple h2o_vdz.test .

Le lancement d'un calcul nécessite le chargement de l'environnement adéquate via la commande : module load molpro/2010.1
Puis le lancement de l'exécution s'effectue comme suit : molpro h2o_vdz.test
Dans ce cas, la sortie sera stockée dans un fichier dont le nom est construit d'après celui d'entrée avec comme extension .out. Pour notre exemple, le fichier de sortie aura pour nom h2o_vdz.out.
Pour information, si l'on désire un nom différent on présisera l'option -o :
molpro h2o_vdz.test -o h2o_vdz.sortie

Ci-dessous, un exemple de script permettant d'activer le logiciel Molpro/2010.1 vous est proposé. Pour pouvoir ensuite le soumettre en mode batch via LoadLeveler il sera évidemment nécessaire de l'habiller à l'aide de directives.
Des exemples généraux de soumission séquentielle en mode batch sont accessibles aux endroits suivant :

script de soumission séquentielle


# Pour avoir l'écho des commandes
set -x

#On positionne le PATH
module load molpro/2010.1

# On se place dans le répertoire temporaire TMPDIR
cd $TMPDIR

# La variable LOADL_STEP_INITDIR est automatiquement positionnée par
# LoadLeveler au répertoire dans lequel on tape la commande llsubmit
# On copie le fichier d'entree dans le TMPDIR
cp $LOADL_STEP_INITDIR/h2o_vdz.test .

# Execution de molpro version parallele
molpro h2o_vdz.test

#Liste des fichiers crees
ls -lrt

#Recopie des fichiers de sortie dans le repertoire de soumission
cp h2o_vdz.out  $LOADL_STEP_INITDIR/h2o_vdz.out.$MP_PROCS
cp test.log  $LOADL_STEP_INITDIR/test.log.$MP_PROCS

Ce travail est soumis par la commande llsubmit :

Vargas-rlab000 : llsubmit molpro.ll

Remarques :
- dans cet exemple, on suppose que le fichier d'entrée se situe dans le répertoire de soumission (contenu de la variable LOADL_STEP_INITDIR automatiquement positionnée par LoadLeveler) c'est à dire le répertoire dans lequel on tape la commande llsubmit,
- le fichier de sortie du calcul molpro_para.numero_job, ainsi que les fichiers de sorties reviennent également dans le répertoire de soumission,
- on se place dans le répertoire TMPDIR pour pouvoir stocker tous les fichiers temporaires générés par Molpro au cours du calcul, de plus l'espace disque y est plus important.

Pour plus de renseignements, vous pouvez nous contacter par messagerie électronique: ().

Molpro

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