Voici un exemple de soumission pour exécuter NAMD sur 64 processus. La soumission se fait, en supposant que le fichier de soumission s'appelle NAMD_64.ll, via la commande :
llsubmit NAMD_64.ll
Le fichier de soumission contient les lignes suivantes :
# @ job_name = NAMD_64 # @ job_type = parallel # @ output = $(job_name).$(jobid) # @ error = $(output) # @ wall_clock_limit = 1:00:00 # @ total_tasks = 64 # @ data_limit = 1.7gb # @ queue set -x cd $TMPDIR #Copies des fichiers d'entrees dans le repertoire TMPDIR cp $LOADL_STEP_INITDIR/apoa1.namd . cp $LOADL_STEP_INITDIR/apoa1.psf . cp $LOADL_STEP_INITDIR/apoa1.pdb . cp $LOADL_STEP_INITDIR/par_all22_popc.xplor . cp $LOADL_STEP_INITDIR/par_all22_prot_lipid.xplor . module load namd/2.7 namd2 apoa1.namd ls -lrt #Recopie des fichiers de sortie cp apoa1-out* $workdir/NAMD/APOA1/.