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Le logiciel Siesta version 2.01 est installé à l'IDRIS, sur la machine Vargas, en version séquentielle et parallèle.
Si vous n'avez pas besoin de modifier les fichiers sources de Siesta, vous pouvez utiliser les exécutables compilés par l'assistance. Vous évitez ainsi les problèmes d'installation et vous n'avez pas besoin de stocker les fichiers sources de Siesta.
Si vous voulez modifier les fichiers sources de Siesta et donc
compiler Siesta vous-même, nous vous proposons d'utiliser les fichiers
suivants. Les fichiers Siesta_seq.mk
et Siesta_par.mk sont à copier
dans le répertoire Src/Sys de Siesta. Le fichier
Makefile remplace le fichier de même
nom dans le répertoire Src/MPI de Siesta. Selon que vous
vouliez créer un exécutable séquentiel ou parallèle, vous devez créer un lien
symbolique arch.make dans le répertoire Src
qui pointe vers Siesta_seq.mk ou Siesta_par.mk.
Par exemple, depuis le répertoire Src :
ln -s Sys/Siesta_par.mk arch.make
Pour avoir accès aux exécutables que nous avons compilés, vous devez avoir une licence personnelle d'utilisation de Siesta. La démarche à suivre pour obtenir cette licence est décrite sur le site officiel de Siesta, rubrique distribution. Contactez-nous ensuite . Nous sommes tenus de vérifier auprès de l'équipe de Siesta que vous êtes bien enregistré avant de vous donner l'accès aux exécutables.
Les exécutables :
gen-basis_pargen-basis_seqsiesta_parsiesta_seq/usr/local/prod/SIESTA/2.0.2/bin sur Vargas. Vous
pouvez aussi utiliser l'exécutable atm_2.0.2 (cf. le
manuel de Siesta, § 2.2) sous le meme répertoire.
Voici un exemple en interactif pour la molécule H2O. Les fichiers
de pseudo-potentiels, H.psf et O.psf,
n'apparaissent pas dans la commande d'exécution de Siesta mais doivent
être présents dans le répertoire courant au moment de
l'exécution. Supposons que le chemin
/usr/local/prod/SIESTA/2.0.2/bin soit inclus dans la
variable d'environnement PATH. Imaginons que vous
conserviez le fichier d'entrée, H2O.fdf, et les fichiers
de pseudo-potentiels dans le répertoire $home alors, à
partir de ce répertoire, tapez :
cp H.psf O.psf $workdir cd $workdir siesta_seq <~/H2O.fdf >H2O.out
Pour placer cette même exécution en queue et non en interactif, créez un fichier de soumission du type suivant :
#@ wall_clock_limit = 01:00:00 # (means 1 heure de temps "elapse") #@ data_limit = 200MB # (means 200 megabytes) #@ job_name = siesta #@ output = $(job_name).out #@ error = $(output) #@ queue set -x cp H.psf O.psf H2O.fdf $tmpdir cd $tmpdir siesta_seq <H2O.fdf >H2O.out ls -l mv H20.out $LOADL_STEP_INITDIR # save to $LOADL_STEP_INITDIR or $workdir any other file you needpuis soumettez ce fichier depuis le répertoire contenant les fichiers de pseudo-potentiel et le fichier d'entrée.
Toujours avec l'exemple de la molécule H2O, en
interactif. Supposons que le chemin
/usr/local/prod/SIESTA/2.0.2/bin soit inclus dans la
variable d'environnement PATH. Imaginons que vous
conserviez le fichier d'entrée, H2O.fdf, et les fichiers
de pseudo-potentiels dans le répertoire $home alors, à
partir de ce répertoire, tapez :
cp H.psf O.psf $workdir cd $workdir export MP_PROCS=2 # choose the number of processes here siesta_par <~/H2O.fdf >H2O.out
Pour placer cette même exécution en queue et non en interactif, créez un fichier de soumission du type suivant :
#@ job_type = parallel #@ total_tasks = 2 #@ wall_clock_limit = 01:00:00 # (means 1 heure de temps "elapse" #@ data_limit = 200MB # (means 200 megabytes per process) #@ job_name = siesta #@ output = $(job_name).out #@ error = $(output) #@ queue set -x cp H.psf O.psf H2O.fdf $tmpdir cd $tmpdir siesta_par <H2O.fdf >H2O.out ls -l mv H20.out $LOADL_STEP_INITDIR # save to $LOADL_STEP_INITDIR or $workdir any other file you needpuis soumettez ce fichier depuis le répertoire contenant les fichiers de pseudo-potentiel et le fichier d'entrée.