VASP


Présentation

VASP : Vienna Ab initio Simulation Package. Logiciel de chimie quantique ab initio.

Disponibilité

Seuls des exécutables parallèles sont disponibles. Trois exécutables sont fournis : la version standard (sous le nom vasp), une version dite gamma only (sous le nom vasp_gamma) et une version non-collinear (sous le nom vasp_nc).

vasp_gamma est généralement plus rapide mais ne dispose de toutes les fonctionnalités de VASP (voir documentation sur le site officiel de VASP).

vasp_nc permet les calculs magnétiques non-colinéaires mais est plus gourmande en mémoire.

Cette application intègre les VTS tools. Tous les exécutables des versions 4.6.35 et 5.2.2 fournissent ces fonctionnalités. Pour la version 5.2.11, il suffit d'utiliser les programmes vasp_vts, vasp_vts_gamma et vasp_vts_nc pour y accéder.

Attention : l'accès à cette application est réservé aux utilisateurs/laboratoires disposant d'une licence auprès des développeurs de VASP. Nous vérifierons votre statut avant de vous donner les droits d'exécution. Contactez l'assistance de l'IDRIS () pour plus d'informations.

Si vous voulez accéder aux versions 5.2 et que vous avez une licence pour les versions 4.6, vous devez acheter une nouvelle licence.

Utilisation

Voici un exemple de script de soumission LoadLeveler pour Vargas :

Vargas : more job_vasp_para

# Nom arbitraire du travail LoadLeveler
# @ job_name = VASP
# Type de travail
# @ job_type = parallel
# Fichier de sortie standard du travail
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# Fichier de sortie d'erreur du travail
# @ error =  $(job_name).$(jobid)
# Temps elapsed max. pour l'ensemble du job hh:mm:ss (0h30mn ici)
# @ wall_clock_limit = 0:30:00
# Mémoire max. utilisée par processus (ici 3,2 Gigaoctets)
# @ data_limit = 3.2gb
# Nombre de processus demandé (ici 8)
# @ total_tasks = 8
# @ queue

# Pour avoir l'écho des commandes
set -x

# Répertoire temporaire de travail
cd $TMPDIR

# Copie dans le TMPDIR le ou les fichiers d'entrée situés
# dans le répertoire de soumission du job.
# Attention : ceci est un exemple. Verifiez que tous les
# fichiers necessaires sont bien recopies.
cp $LOADL_STEP_INITDIR/INCAR .
cp $LOADL_STEP_INITDIR/KPOINTS .
cp $LOADL_STEP_INITDIR/POSCAR .
cp $LOADL_STEP_INITDIR/POTCAR .
# Pour un restart, decommenter la ligne suivante :
#cp $LOADL_STEP_INITDIR/WAVECAR .

# Liste les fichiers du répertoire de travail
ls -rtl

# Chargement du module vasp
module load vasp
# Appel de VASP pour une simulation
vasp

# Liste les fichiers du répertoire de travail
ls -rtl

# Recopie le ou les fichiers de sortie dans le
# repertoire de soumission
# Attention : ceci est un exemple. Verifiez que tous les
# fichiers necessaires sont bien recopies.
cp CHG $LOADL_STEP_INITDIR
cp CHGCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp CONTCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp DOSCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp EIGENVAL $LOADL_STEP_INITDIR
cp EXHCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp IBZKPT $LOADL_STEP_INITDIR
cp OSZICAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp OUTCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp PCDAT $LOADL_STEP_INITDIR
cp TMPCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp WAVECAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp XDATCAR $LOADL_STEP_INITDIR
cp vasprun.xml $LOADL_STEP_INITDIR

La commande module load vasp charge la version par défaut de VASP. Si vous souhaitez en utiliser une autre, référez vous à la documentation sur la commande module.

Documentation

Toute la documentation se trouve sur le site de VASP. Vous trouverez également des informations sur leur forum de discussion.

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