Babel : CPMD

Les versions 3.13.1, 3.13.2 et 3.15.1 du logiciel CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) sont installées sur Babel.

Vous pouvez consulter le manuel du programme sur le site officiel de CPMD. Une version du manuel au format PDF y est aussi disponible.

Vous avez le choix entre deux exécutables :

Fichier exécutable Description Modes d'exécution conseillés
cpmd_MPI parallélisé avec MPI seulement VN
cpmd_MPI_OMP parallélisé avec MPI et OpenMP DUAL, SMP

Les exécutables sont accessibles grâce à la commande module

module load cpmd

Pour utiliser la version 3.15.1 à la place de la 3.13.2 (qui est la version par défaut), utilisez la commande :

module load cpmd/3.15.1

Voici un example de fichier de soumission pour CPMD :

# Nom du travail LoadLeveler
# @ job_name = cpmd
# @ job_type = BLUEGENE
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# @ error =  $(job_name).$(jobid)
# @ bg_size = 64
# @ wall_clock_limit = 01:00:00
# @ queue

# Pour avoir l'echo des commandes
set -x

module load cpmd
# Attention mpirun sur babel ne connait pas le PATH, il faut donc specifier le chemin en entier
# CPMD_EXEDIR est definit par module
mpirun -mode VN -np 256 -mapfile TXYZ -exe ${CPMD_EXEDIR}/cpmd_MPI -args ''fichier_entree.in''

Le répertoire /bglocal/prod/CPMD/3.13.2/PPLIBNEW, qui fait partie de la distribution du logiciel, contient des fichiers de pseudo-potentiel.

Si vous faites une publication utilisant les résultats de CPMD, veuillez inclure la référence suivante : CPMD V3.13, copyright INTERNATIONAL BUSINESS MACHINES CORPORATION (1990-2008) and MAX PLANCK INSTTUTE FUER FESTKOERPERFORSCHUNG STUTTGART (1995-2001).