Babel : GROMACS

Le logiciel GROMACS est installé à l'IDRIS sur la machine Babel.

Disponibilité

Les numéros des versions disponibles sont

  • 4.0.3
  • 4.0.5 (par défaut)
  • 4.5.3
  • 4.5.4

Utilisation

La documentation est disponible sur le site officiel de GROMACS

Les exécutables sont accessibles grâce à la commande module

module load gromacs

Pour utiliser la version 4.5.3 à la place de la 4.0.5 (qui est la version par défaut), utilisez la commande :

module load gromacs/4.5.3

et

module load gromacs/4.0.3

pour utiliser la version 4.0.3

Voici un example de fichier de soumission pour GROMACS :

# Nom du travail LoadLeveler
# @ job_name = gromacs
# @ job_type = BLUEGENE
# @ output = $(job_name).$(jobid)
# @ error =  $(job_name).$(jobid)
# @ bg_size = 64
# @ wall_clock_limit = 05:00:00
# @ queue

# Pour avoir l'echo des commandes
set -x

module load gromacs
# Attention mpirun sur babel ne connait pas le PATH, il faut donc specifier le chemin en entier
# GROMACS_EXEDIR est definit par module
mpirun -mode VN -np 256 -exe ${GROMACS_EXEDIR}/mdrun -args ''-s example.tpr''