Babel : principaux paramètres des commandes mpirun et bgrun

La commande mpirun sert a lancer un exécutable sur la Blue Gene en batch. La commande bgrun remplit le même rôle, mais depuis l'interactif.

Les options indispensables sont :

  • -exe ./mon_executable, Attention, les arguments doivent être donnés avec l'option '-args' et les variables d'environnement avec '-env'.
  • -np NN, avec NN le nombre processus MPI demandés. Nous vous conseillons d'aller voir les pages sur les modes d'exécution des noeuds de calcul et les notes sur la comptabilité des travaux pour bien choisir cette valeur et ces conséquences sur la comptabilité.

Les options conseillées :

  • -mode MODE, avec MODE = VN, DUAL ou SMP (voir modes d'exécution des noeuds de calcul). Attention, le défaut est SMP (adapté aux exécutions mixtes MPI+OpenMP/pthreads). La valeur conseillée est VN (sauf pour les applications mixtes).
  • -mapfile MAPPING ou bien -env BG_MAPPING=MAPPING. avec MAPPING le type de positionnement des processus. Le défaut est TXYZ. La valeur conseillée est aussi TXYZ.
  • -env variables_environnement, pour passer des variables d'environnement à votre application. Pour une application OpenMP en mode SMP, il est conseillé d'utiliser -env OMP_NUM_THREADS=4 XLSMPOPTS=spins=0:yields=0:stack=64000000.
  • -args arguments_application, pour donner les arguments à passer à l'application.
  • -enable_tty_reporting, pour bufferiser la sortie standard (stdout). Cette option est fortement conseillée pour les applications qui produisent des sorties importantes sur la sortie standard. Sinon, celles-ci peuvent ralentir l'exécution de votre application. La taille du buffer sur Babel est de 2Mo (valeur non modifiable).

Les autres options usuelles :

  • -cwd ou -wdir, pour changer de Working Directory, quand l'exécutable est dans un autre répertoire que celui d'où vous lancez la commande. Attention, si fichier de sortie il y a (batch), il sera créé dans ce répertoire.

Pour lister l'ensemble des options possibles, avec une explication sommaire en anglais, vous pouvez taper :

rlab432@babel:/homegpfs/rech/lab/rlab432> mpirun -help