Turing : la Bibliothèque HDF5

Présentation

HDF signifie Hierarchical Data Format. C'est un format développé par le NCSA (National Center for Supercomputing Applications).

Disponibilité

Versions disponibles :

  • 1.10.1
  • 1.8.14
  • 1.8.9 (version par défaut)

Elles sont disponibles sur Blue Gene/Q en versions séquentielle et parallèle.

Les fonctions HDF peuvent être appelées depuis des programmes écrits en C ou Fortran.

Les librairies sont accessibles grâce à la commande module (num_version est à préciser pour activer une version différente de celle par défaut) :

module load hdf5/seq[/num_version] (version séquentielle)
module load hdf5/mpi[/num_version] (version parallèle)

Utilisation

Exemple de compilation pour la version 1.10.1 séquentielle avec la commande module sur Blue Gene/Q

$ module load hdf5/seq/1.10.1
$ mpixlf90_r test_hdf5.f90 -o test_hdf5

Dans le répertoire /bglocal/cn/pub/zlib/1.2.5/lib, vous trouverez la librairie utilisée par HDF libz.a.

Exemple de compilation pour la version 1.10.1 parallèle  avec la commande module sur Blue Gene/Q

$ module load hdf5/mpi/1.10.1
$ mpixlf90_r test_hdf5.f90 -o test_hdf5

Documentation