Turing : BigDFT

Présentation

BigDFT est un logiciel de chimie qui permet de réaliser des calculs de modélisation moléculaire. Il utilise pour cela le formalisme de la DFT, avec une approche de base d'ondelettes.

Ce produit est libre (sous licence GPL), et son développement est très actif. Pour plus d'informations, vous pouvez consulter le site officiel de BigDFT.

Disponibilité

Le logiciel BigDFT est installé à l'IDRIS sur la machine Turing. Utilisez la commande module avail bigdft pour consulter toutes les version installées. Le programme a été compilé en mode parallèle hybride MPI-OpenMP.

Les versions disponibles sont :

  • 1.7-dev.28 (version par défaut)

Les exécutables permettant entre autres les calculs d'état de transition par méthode NEB ou de fréquences vibrationnelles sont inclus.

Script de lancement

La commande module load bigdft charge la version par défaut.

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = BigDFT
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ bg_size          = 64
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load bigdft
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
runjob --np 1024 --ranks-per-node=16 --envs "OMP_NUM_THREADS=4" : $BIGDFT_EXEDIR/bigdft > output

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = BigDFT
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ bg_size          = 64
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load bigdft
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
runjob --np 1024 --ranks-per-node=16 --envs "OMP_NUM_THREADS=4" : $BIGDFT_EXEDIR/bigdft > output
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .