Turing : CPMD

Présentation

Le logiciel CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) est installé à l'IDRIS sur la machine Ada.

Vous pouvez consulter le manuel du programme sur le site officiel de CPMD. Une version du manuel au format PDF y est aussi disponible.

Si vous faites une publication utilisant les résultats de CPMD, veuillez inclure la référence suivante : CPMD, http://www.cpmd.org/, Copyright IBM Corp 1990-2015, Copyright MPI für Festkörperforschung Stuttgart 1997-2001.

Disponibilité

Les numéros des versions disponibles sont :

  • 3.13.2
  • 3.15.3
  • 3.17.1 (version par défaut)
  • 4.1

Les versions parallèles hybrides OpenMP/MPI sont installées.

Script de lancement

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = CPMD
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 20:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load cpmd
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
runjob --np 1024 --ranks-per-node=16 --envs "OMP_NUM_THREADS=4" : $CPMD_EXEDIR/cpmd.x fichier.input > fichier.out

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = CPMD
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 20:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load cpmd
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
runjob --np 1024 --ranks-per-node=16 --envs "OMP_NUM_THREADS=4" : $CPMD_EXEDIR/cpmd.x fichier.input > fichier.out
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Vous pouvez vous référer à la documentation sur la commande module.

Vous pouvez aussi vous référer à nos conseils plus généraux sur la soumission en queue sur Turing d'un travail parallélisé en mode mixte MPI/OpenMP.

Paramètres propres au logiciel

Dans la version 3.17.1, le paramètre TASKGROUPS qui permettait de gérer le partage des processus MPI lorsque ces derniers sont en nombre important, devient CG_GROUPS. Ce paramètre n'est en principe utile que pour un nombre de processus supérieur à 256 environ.