Turing : CRYSTAL

Présentation

CRYSTAL : Logiciel de chimie quantique ab initio.

Disponibilité

  • CRYSTAL09 v2.0.1
  • CRYSTAL14 v1.0.2 (version par défaut)
  • CRYSTAL14 v1.0.3

Seuls des exécutables parallèles (MPI) sont disponibles. Trois exécutables sont fournis : la version parallèle standard Pcrystal, une version optimisée pour les systèmes volumineux MPPcrystal, et un exécutable de propriétés Pproperties.

Attention : Sur cette architecture, le nombre de fichiers générés par la version Pcrystal peut devenir très important, au point de saturer l'accès à ces fichiers. Cette version n'est donc à utiliser qu'en cas de nécessité (calcul de fréquences par exemple), mais n'est pas conseillé.

Attention : l'utilisation de cette application est libre, mais vous devez signer un engagement de respect de la licence avant que l'accès ne vous soit donné. Contactez l'assistance pour plus d'informations.

Script de lancement

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = job
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = bluegene
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load crystal
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
runjob --np 2048 --ranks-per-node 32 : $CRYSTAL_EXEDIR/MPPcrystal

Voici un exemple de script de lancement pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# @ job_name         = job
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ job_type         = bluegene
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 1:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load crystal
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
runjob --np 2048 --ranks-per-node 32 : $CRYSTAL_EXEDIR/MPPcrystal
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

La commande module load crystal charge la version par défaut de CRYSTAL. Si vous souhaitez en utiliser une autre, référez vous à la documentation sur la commande module.

Paramètres propres au logiciel

Le fichier d'entrée que vous souhaitez calculer doit impérativement se nommer INPUT. Vous pouvez ajouter une ligne dans votre script de lancement pour copier votre fichier avec ce nom.

Documentation

La documentation est disponible sur le site officiel de CRYSTAL, rubrique Documentation.