Turing : GROMACS

Description

GROMACS est une suite logicielle de dynamique moléculaire en champ de force, principalement conçue pour la simulation de molécules biochimiques comme les protéines, les lipides et les acides nucléiques, présentant de complexes interactions liées.

La documentation est disponible sur le site officiel de GROMACS.

Disponibilité

Les numéros des versions disponibles sont :

  • 4.5.5
  • 4.6.5
  • 5.0.1
  • 5.0.2
  • 5.1.2 avec le plugin PLUMED

A partir de la version 4.6.5, l'exécutable de calcul mdrun bénéficie de la parallélisation mixte MPI/OpenMP.

Attention, pour utiliser les outils de modification et de génération des fichiers d'entrée, vous devez vous connecter sur la machine de pré/post-traitement Adapp.

Pour connaitre les versions disponibles sur la machine, utilisez la commande module.

module avail gromacs

Script de lancement

Les exécutables sont accessibles grâce à la commande module.

module load gromacs

Voici un exemple de script de lancement en parallélisation hybride pour un calcul exécuté dans le WORKDIR :

job.ll
# @ job_name         = gromacs
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 10:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load gromacs
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Lancement du calcul ###
runjob --np 1024 --ranks-per-node 16 --envs "OMP_NUM_THREADS=4" : $GROMACS_EXEDIR/mdrun -s example.tpr

Voici un exemple de script de lancement en parallélisation MPI pour un calcul exécuté dans le TMPDIR :

job.ll
# Nom du travail LoadLeveler
# @ job_name         = gromacs
# @ job_type         = BLUEGENE
# @ output           = $(job_name).$(jobid)
# @ error            = $(job_name).$(jobid)
# @ bg_size          = 64
# @ wall_clock_limit = 10:00:00
# @ queue
 
### Initialisation de Module ###
module load gromacs
 
### Echo des commandes ###
set -x
 
### Copie vers le TMPDIR ###
cp ./* $TMPDIR
 
### Lancement du calcul ###
cd $TMPDIR
runjob --np 4096 --ranks-per-node 64 : $GROMACS_EXEDIR/mdrun -s example.tpr
 
### Copie vers le dossier de soumission ###
cd -
cp $TMPDIR/* .

Paramètres propres au logiciel

Afin de bénéficier de l'utilisation du mode hybride, l'algorithme de Verlet doit être utilisé. Pour éviter de devoir régénérer les fichiers d'entrée, ou simplement pour tester ce mode, vous pouvez utiliser l'option -testverlet pour l'exécutable mdrun.
N'oubliez pas d'adapter votre script de lancement (lancer un code parallélisé en mode mixte MPI/OpenMP).