La bibliothèque ParMETIS
Description
ParMETIS est une bibliothèque parallèle basée sur MPI qui implémente une variété d'algorithmes pour partitionner les graphes non structurés, les maillages et pour réduire le remplissage (fill-in) induit lors de la factorisation des matrices creuses.
Versions installées
La bibliothèque ParMETIS est proposée en plusieurs variantes selon le compilateur et la taille de représentations des types de données. Généralement la version 32 bits sera suffisante pour la plupart des projets. La version 64 bits doit être utilisée si le nombre total de nœuds ou d'arêtes des graphes à partitionner dépasse la représentation sur 32 bits, soit 231-1.
Les versions installées sur Jean Zay peuvent être retrouvées par la commande suivante :
module avail parmetisEnvironnement
Les versions de ParMETIS sont disponibles dans différents environnements. Pour les lister, utilisez la commande suivante :
module show parmetisPour utiliser cette librairie dans d'autres environnements, veuillez contacter l'équipe Support aux Utilisateurs.
Pour obtenir les informations sur les chemins d'accès aux librairies, il sera nécessaire de charger au préalable l'environnement choisi. Par exemple :
module load intel-compilers/19.1.2 intel-mpi/2019.8module show parmetisUtilisation
La bibliothèque est accessible par la commande module.
Pour charger la version par défaut dans l'environnement courant (ou dans l'environnement par défaut si aucun environnement n'est préalablement chargé) :
module load parmetisou pour charger une version spécifique dans un environnement spécifique (Intel dans cet exemple) :
module load intel-compilers/19.0.4 intel-mpi/19.0.4module load parmetis/4.0.3-mpi-int64-real64Édition des liens
Lors de l'édition de liens, il est nécessaire d'ajouter l'option référençant la bibliothèque :
module load parmetisifort appel_parmetis.f90 -lparmetis