Gaussian sur Jean Zay

Autorisation d'utilisation

L'utilisation de Gaussian à l'IDRIS est soumis à autorisation. Vous devez faire la demande pour votre groupe en envoyant un mail à assist@idris.fr

Liens utiles

• 🌐 Site officiel : https://gaussian.com
• 📘 Documentation : https://gaussian.com/docs/

Exemples de scripts de soumission

Définition des ressources dans la ligne de commande

L'IDRIS fournit des scripts pour définir le nombre de cœur et le nombre de GPU qui doivent être utilisés par Gaussian.

• g16_cpu_list : Définition des coeurs de calcul
• g16_gpu_list : Definition des GPU

Nous vous conseillons d'utiliser ces scripts (comme dans les exemples ci-dessous) plutôt que de définir à la main ces valeurs dans le fichier d'input ou la ligne de commande.

Définition des besoins mémoire

Il est recommandé de définir la quantité de mémoire disponible pour le calcul avec l'option g16 -m. La valeur à mettre dépend du type de calcul mais une règle de bon usage est de réserver 80% de la mémoire disponible avec les ressources demandées.

0.8*cpus-per-task*(mémoire par coeur)

Partition CPU

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # Number of nodes. Gaussian can only use 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Number of MPI tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=40 # Number of core for each MPI task
#SBATCH --job-name=gaussian
#SBATCH --output=%x.%j # output in <job-name>.<jobid>
#SBATCH --error=%x.%j # errors <job-name>.<jobid>
#SBATCH --account=<project_id>@cpu # project_id available with idracct
#SBATCH --time=02:00:00

module purge
module load gaussian/g16-revC01  # check the available versions with module avail gaussian

g16 -c="$(g16_cpu_list)" -m=140GB input.com

Partition V100

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # Number of nodes. Gaussian can only use 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Number of MPI tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=40 # Number of core for each MPI task
#SBATCH --gpus-per-node=4 # Number of GPUs per node
#SBATCH --job-name=gaussian
#SBATCH --output=%x.%j # output in <job-name>.<jobid>
#SBATCH --error=%x.%j # errors <job-name>.<jobid>
#SBATCH --account=<project_id>@v100 # project_id available with idracct
#SBATCH --time=02:00:00

module purge
module load gaussian/g16-revC01  # check the available versions with module avail gaussian

g16 -c="$(g16_cpu_list)" -g="$(g16_gpu_list)" -m=140GB input.com

Partition A100

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # Number of nodes. Gaussian can only use 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Number of MPI tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=64 # Number of core for each MPI task
#SBATCH --gpus-per-node=8 # Number of GPUs per node
#SBATCH --constraint=a100
#SBATCH --job-name=gaussian
#SBATCH --output=%x.%j # output in <job-name>.<jobid>
#SBATCH --error=%x.%j # errors <job-name>.<jobid>
#SBATCH --account=<project_id>@a100 # project_id available with idracct
#SBATCH --time=02:00:00

module purge
module load arch/a100
module load gaussian/g16-revC01  # check the available versions with module avail gaussian

g16 -c="$(g16_cpu_list)" -g="$(g16_gpu_list)" -m=450GB input.com