🧪 Logiciels de simulation atomistique
Voici la liste des logiciels disponibles sur le centre de calcul, classés par usage.
Fonctionnalités principales des logiciels :
- ⚛️ DFT / ab initio
- 🧮 Dynamique moléculaire
- 🧠 Machine Learning
- 🔍 Docking
- 📐 Structure électronique avancée
- 🧬 Bio-informatique
- 🚀 Support GPU
⚛️ Calculs ab initio / DFT
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| AMS | Suite QM/DFT multi-méthodes | ❌ |
| AtomPAW | Génération PAW | ❌ |
| BigDFT | DFT ondelettes | 🚀 |
| CP2K | DFT + MD hybride | 🚀 |
| CPMD | MD ab initio | ❌ |
| Crystal | DFT périodique | ❌ |
| DFTB+ | Semi-empirique TB | ❌ |
| Gaussian | Chimie quantique | 🚀 |
| Molpro | Ab initio avancé | ❌ |
| NWChem | QM/DFT | 🚀 |
| Psi4 | Chimie quantique | ❌ |
| Octopus | DFT temps-réel / TDDFT | ❌ |
| OpenMolcas | Multi-référence | ❌ |
| OpenMX | DFT NAO | ❌ |
| ORCA | DFT / post-HF | ❌ |
| Quantum ESPRESSO | DFT, phonons | 🚀 |
| SIESTA | DFT base localisée | ❌ |
| VASP | DFT, MD ab initio | 🚀 |
| XTB / CREST | Semi-empirique | ❌ |
🧮 Dynamique moléculaire (MD classique)
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| Amber | MD bio / force fields | 🚀 |
| GROMACS | MD classique | 🚀 |
| LAMMPS | MD matériaux | 🚀 |
| NAMD | MD biomoléculaire | 🚀 |
| PLUMED | Métadynamique / free energy | ❌ |
🧬 Repliement de protéines
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| 🧬 AlphaFold2 | Prédiction structurelle | 🚀 |
| 🧬 AlphaFold3 | Prédiction avancée | 🚀 |
| 🧬 ColabFold | Pipeline optimisé | 🚀 |
| 🧬 MassiveFold | Workflow massif | 🚀 |
| 🧬 AlphaPullDown | Interactions PPI | 🚀 |
🧠 Machine Learning / potentiels interatomiques
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| DeePMD | Potentiels ML | 🚀 |
| USPEX | Prédiction de structures | ❌ |
🔍 Docking / criblage moléculaire
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| AutoDock-GPU | Docking | 🚀 |
| QuickVina | Docking rapide | ❌ |
📐 Structure électronique avancée
| Logiciel | Usage | GPU |
|---|---|---|
| QMCPACK | Quantum Monte Carlo | 🚀 |
| Wannier90 | Fonctions de Wannier | ❌ |
| Yambo | GW / BSE | ❌ |
ℹ️ Support
Pour toute question liée à l’utilisation des logiciels sur le cluster :