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La bibliothèque NetCDF

Description​

NetCDF est un produit de Unidata ; c'est une bibliothèque permettant de créer et de manipuler des fichiers au format NetCDF ; ce format permet de conserver et d'échanger des données scientifiques. Il s'agit d'un logiciel permettant la manipulation de fichiers auto-descriptifs au format NetCDF.

Versions installées​

NetCDF est accessible via la commande module.

$ module avail netcdf
--------- /lustre/fshomisc/sup/hpe/pub/modules-idris-env4/modulefiles/linux-rhel9-skylake_avx512 ---------
netcdf-c/4.7.2           netcdf-c/4.7.4-mpi          netcdf-fortran/4.5.2           netcdf/4.7.2
netcdf-c/4.7.2-mpi       netcdf-c/4.7.4-mpi-cuda     netcdf-fortran/4.5.2-mpi       netcdf/4.7.2-mpi
netcdf-c/4.7.2-mpi-cuda  netcdf-c/4.8.1-mpi-cuda     netcdf-fortran/4.5.2-mpi-cuda  netcdf/4.7.2-mpi-cuda
netcdf-c/4.7.3           netcdf-cxx4/4.3.1           netcdf-fortran/4.5.3           netcdf95/0.3
netcdf-c/4.7.3-mpi       netcdf-cxx4/4.3.1-mpi       netcdf-fortran/4.5.3-mpi       netcdf95/0.3-mpi
netcdf-c/4.7.4           netcdf-cxx4/4.3.1-mpi-cuda  netcdf-fortran/4.5.3-mpi-cuda

Caractéristiques​

La bibliothèque NetCDF est en mode d'adressage 64 bits.

Utilisation​

Les différentes versions sont accessibles grâce à la commande module. Par exemple :

  • pour charger la version parallèle compilée avec intel-compilers/19.0.4 :
$ module load intel-compilers/19.0.4 netcdf/4.7.2-mpi
Loading netcdf/4.7.2-mpi
  Loading requirement: intel-mpi/2019.4
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/2019.4   3) netcdf/4.7.2-mpi
  • pour charger la version séquentielle compilée avec nvidia-compilers/25.1 :
$ module load nvidia-compilers/25.1 netcdf/4.7.2
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) nvidia-compilers/25.1   2) netcdf/4.7.2

Remarques​

Pour plus de portabilité, nous vous incitons à utiliser l'interface Fortran 90. Les variables et fonctions NetCDF commencent toutes par nf90_ et ces dernières permettent de passer en argument des entiers/réels 4 ou 8 octets sans changer l'appel de la fonction.

Documentation​

Quelques man (netcdf, ncdump et ncgen) correspondants à la version utilisée sont disponibles.

Serveur NetCDF : https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/