Jean Zay : Python et bibliothèques Python

L'écosystème Python dispose de nombreux outils optimisés pour le calcul scientifique et le traitement de données. Les plus connus sont disponibles sur Jean Zay via des modules.

Les modules Python encapsulent des environnements Conda et contiennent des bibliothèques installées via conda ou pip.

Nous proposons encore Python 2.7 bien que le support et les mises à jour soient arrêtées depuis le 01/01/2020. Au fur et à mesure de la publication de nouvelles versions de Python, nous créons des modules, dont le nom indique la version installée (les bibliothèques associées sont aussi les dernières compatibles, au moment de la création du module).

• pour avoir la liste des modules : module avail python
• pour charger un module (et donc, indirectement, un environnement conda) : module load <module-selectionne>

Si ces modules sont incomplets pour votre usage, vous avez plusieurs options :

• demander l'ajout d'une bibliothèque via un ticket à l'assistance IDRIS (assist@idris.fr)
• ajouter vous même localement le paquet manquant via pip install --user --no-cache-dir <nom-paquet>
• créer un nouvel environnement conda via conda create

La première option est largement préférable pour des raisons de performances et compatibilité avec l'environnement Jean Zay. Cela nous permet aussi de faire profiter d'autres utilisateurs de ces outils.

Pour en savoir plus sur les autres options, leurs avantages et risques, se référer à la page : Environnement Python personnel.

Si vous souhaitez utiliser le paquet mpi4py, vous devez également charger l'un des modules MPI disponibles (module avail openmpi) via la commande module. Aucun module MPI n'est chargé par défaut dans les environnements Python (par contre la bibliothèque mpi4pi est disponible).

Les commandes module purge, module switch et module unload ne sont pas fonctionnelles avec les environnements conda. Si vous souhaitez utiliser un autre module, il est préférable de lancer une autre session.