Jean Zay : commande module

Afin de charger les produits installés sur Jean Zay, il est nécessaire d'utiliser la commande module.

La version actuellement disponible sur Jean Zay est la version 4.3.1 qui apporte de nombreuses nouveautés par rapport à la version 3 (historiquement installée sur les machines de calcul de l'IDRIS) et permet notamment de charger automatiquement les prérequis des produits (compilateur, bibliothèque MPI) lors du chargement d'un module.

Attention : les modules accessibles par défaut ne sont pas compatibles avec la partition gpu_p5 (extension équipée de GPU NVIDIA A100 80 Go installée en juin 2022). Il est nécessaire de charger préalablement le module cpuarch/amd pour pouvoir lister et charger les modules compatibles avec cette partition. Pour un savoir plus, consultez la section dédiée.

En plus de corriger de nombreux bugs, Environment Modules v4 introduit de nouvelles fonctionnalités, en particulier :

• la gestion automatique des dépendances entre les modules (voir la section suivante) ;
• un choix amélioré de la version par défaut des modules : la plus récente est utilisée par défaut, plutôt que la dernière version disponible dans l'ordre alphabétique. Par exemple, la version 1.10 est bien considérée comme étant plus récente que la version 1.9 ;
• un filtrage avancé de la sortie de la commande module avail via des options :
  • -d n'affiche que la version par défaut de chaque module
  • -L n'affiche que la version la plus récente de chaque module
  • -C <texte> permet de chercher tous les modules dont le nom ou la version contient le motif <texte>
• une colorisation de la sortie de la commande pour en améliorer la lisibilité ;
• une amélioration des performances.

Pour plus de détails, nous vous invitons à consulter, sur le site officiel d'Environment Modules, les notes de version et la page Differences between versions 3.2 and 4.

La fonctionnalité de gestion automatique des dépendances entre les modules, introduite dans l'Environment Modules v4, est utilisée à l'IDRIS afin de garantir la cohérence de l'environnement chargé.
Ceci signifie que la commande module s'assure que les prérequis en matière de compilateur et de bibliothèque MPI sont bien satisfaits à chaque chargement d'un module :

• Lorsqu'un module est chargé dans un environnement vierge (sans aucun compilateur ni bibliothèque MPI déjà sélectionnés), un environnement par défaut est chargé si nécessaire (sélection du compilateur et/ou de la bibliothèque MPI). Par exemple, la bibliothèque NetCDF est disponible avec 2 environnements Intel (18.0.5 et 19.0.4); par défaut, c'est l'environnement Intel 19.0.4 qui est chargé :

  $ module purge
  $ module load netcdf
  Loading netcdf/4.7.2-mpi
    Loading requirement: intel-compilers/19.0.4 intel-mpi/19.0.4
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/19.0.4   3) netcdf/4.7.2-mpi
  $ which ncdump
  /.../netcdf/4.7.2/intel-19.0.4-cqo7jj3yxaprhm23gr2tfq2f4epw7k3r/bin/ncdump

• Lorsqu'on charge un module dans un environnement déjà contraint par le chargement antérieur d'un compilateur (et éventuellement d'une bibliothèque MPI), l’installation du produit effectuée avec cette même version du compilateur (et respectivement de la même bibliothèque MPI) est automatiquement sélectionnée. Prenons, par exemple, la bibliothèque NetCDF disponible pour les environnements Intel 18.0.5 et 19.0.4, on peut vérifier ce comportement de la commande module en chargeant préalablement l'environnement Intel 18.0.5 :

  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/18.0.5   2) intel-mpi/18.0.5 
  $ module load netcdf
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/18.0.5   2) intel-mpi/18.0.5   3) netcdf/4.7.2-mpi  
  $ which ncdump
  /.../netcdf/4.7.2/intel-18.0.5-4q5xoewvla54i45rdh743eu7bm7wnsi7/bin/ncdump

• Par contre, si aucune installation n'a été effectuée pour l'environnement déjà chargé, un message d'erreur sera affiché (indiquant un conflit, par exemple) ; dans ce cas le module n'est pas chargé. Par exemple, si on essaie de charger la bibliothèque NetCDF dans l'environnement Intel 19.0.5 alors qu'elle n'est pas disponible :

  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.5  
  $ module load netcdf
  Loading intel-compilers/19.0.4
    ERROR: Conflicting intel-compilers is loaded
   
  Loading intel-compilers/18.0.5
    ERROR: Conflicting intel-compilers is loaded
   
  Loading netcdf/4.7.2-mpi
    ERROR: Load of requirement intel-compilers/19.0.4 or intel-compilers/18.0.5 failed
   
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.5

Remarque : lorsqu'un produit est disponible pour plusieurs environnements, il peut être nécessaire de charger le compilateur et/ou la bibliothèque MPI avant de charger le produit afin de s'assurer que l'environnement utilisé est le bon.

Pour afficher les produits installés sur Jean Zay, il faut utiliser la sous-commande avail.

$ module avail
------------------------- /gpfslocalsup/pub/module-rh/modulefiles -------------------------
arm-forge             intel-all/16.0.4        intel-compilers/18.0.1  intel-vtune/18.0.5     pgi/19.7   
cuda/9.2              intel-all/18.0.1        intel-compilers/18.0.5  intel-vtune/19.0.2     pgi/19.9   
cuda/10.0             intel-all/18.0.5        intel-compilers/19.0.2  intel-vtune/19.0.4     pgi/19.10  
cuda/10.1.1           intel-all/19.0.2        intel-compilers/19.0.4  intel-vtune/19.0.5     
cuda/10.1.2           intel-all/19.0.4        intel-compilers/19.0.5  nccl/2.4.2-1+cuda9.2   
cudnn/9.2-v7.5.1.10   intel-all/19.0.5        intel-itac/18.0.1       nccl/2.4.2-1+cuda10.1  
cudnn/10.1-v7.5.1.10  intel-itac/19.0.4       intel-itac/18.0.5       pgi/19.5               
 
------------------------- /gpfslocalsup/pub/modules-idris-env4/modulefiles/linux-rhel7-x86_64 -------------------------
abinit/7.0.5                fftw/3.3.8-mpi           nco/4.8.1                         trilinos/12.12.1-mpi      
abinit/8.8.2-mpi            fftw/3.3.8-mpi-cuda      ncview/2.1.7-mpi                  udunits2/2.2.24           
abinit/8.10.3-mpi           gaussian/g09-revD01      netcdf-fortran/4.5.2              uuid/1.6.2                
adf/2019.104-mpi-cuda       gaussian/g16-revC01      netcdf-fortran/4.5.2-mpi          valgrind/3.14.0-mpi
anaconda-py2/2019.03        gcc/4.8.5                netcdf/4.7.2                      valgrind/3.14.0-mpi-cuda
anaconda-py3/2019.03        gcc/5.5.0                netcdf/4.7.2-mpi                  vasp/5.4.4-mpi-cuda       
arpack-ng/3.7.0-mpi         gcc/6.5.0                netlib-lapack/3.8.0               vim/8.1.0338              
autoconf/2.69               gcc/8.2.0                netlib-scalapack/2.0.2-mpi        visit/2.13.0-mpi          
automake/1.16.1             gcc/8.3.0                netlib-scalapack/2.0.2-mpi-cuda   vtk/8.1.2-mpi  
bigdft/devel-0719-mpi-cuda  gcc/9.1.0                nwchem/6.8.1-mpi                  xedit/1.2.2               
blitz/1.0.1                 gcc/9.1.0-cuda-openacc   octave/4.4.1-mpi
boost/1.62.0                gdb/8.2.1                opa-psm2/11.2.77
[...]   

(affichage non exhaustif, basé sur une sortie de la commande éditée en décembre 2019)

Il est possible de rechercher un produit particulier en tapant : module avail <premières lettres du nom du produit>.
Par exemple pour afficher les produits commençant par cud :

$ module avail cud
 
------------------------- /gpfslocalsup/pub/module-rh/modulefiles -------------------------
cuda/9.2  cuda/10.0  cuda/10.1.1  cuda/10.1.2  cudnn/9.2-v7.5.1.10  cudnn/10.1-v7.5.1.10

La sous-commande list permet de vérifier quels sont les modules chargés à un moment donné dans votre environnement courant :

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:    
 1) intel-compilers/19.0.4   4) intel-vtune/19.0.4     7) intel-itac/19.0.4  
 2) intel-mkl/19.0.4         5) intel-advisor/19.0.4   8) intel-all/19.0.4   
 3) intel-mpi/19.0.4         6) intel-tbb/19.0.4      

Si aucun module n'est chargé le message suivant apparaît :

$ module list
No Modulefiles Currently Loaded.

Le chargement des produits se fait avec la sous-commande load suivie par :

• soit le nom complet du module pour sélectionner une version précise du produit :

  $ module load intel-compilers/19.0.4

• soit le début du nom du module qui sélectionne alors la version par défaut du produit :

  $ module load intel-compilers

La commande module load ne renvoie aucune information lorsqu'elle s'exécute sans problème. Il peut donc être nécessaire d'utiliser la commande module list pour savoir quelle version a été chargée.
Par contre, une erreur peut se produire et empêcher le chargement d'un module. Des messages d'erreur sont alors retournés, par exemple :

• si le module à charger n'existe pas :

  $ module load intel-compilers-19/19.0.4
  ERROR: Unable to locate a modulefile for 'intel-compilers-19/19.0.4'

• si un conflit existe entre le module à charger et un des modules déjà chargés :

  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.5
   
  $ module load intel-compilers/19.0.4
  Loading intel-compilers/19.0.4
    ERROR: Conflicting intel-compilers is loaded

Il est possible de charger plusieurs produits en une seule fois :

• En les listant sur une même ligne de commande :

  $ module load intel-compilers/19.0.4 intel-mpi/19.0.4 intel-mkl/19.0.4

  Attention : l'ordre dans lequel les modules sont indiqués peut être important !
  Ainsi, la commande suivante ne donne pas le résultat escompté puisque les modules intel-compilers/18.0.5 et intel-mpi/18.0.5 ne sont finalement pas utilisés :

  $ module load netcdf intel-compilers/18.0.5 intel-mpi/18.0.5
  Loading netcdf/4.7.2-mpi
    Loading requirement: intel-compilers/19.0.4 intel-mpi/19.0.4
   
  Loading intel-compilers/18.0.5
    ERROR: Conflicting intel-compilers is loaded
   
  Loading intel-mpi/18.0.5
    ERROR: Conflicting intel-mpi is loaded
   
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/19.0.4   3) netcdf/4.7.2-mpi

  Dans ce cas, il faut charger intel-compilers/18.0.5 et intel-mpi/18.0.5 avant netcdf pour avoir le résultat attendu :

  $ module load intel-compilers/18.0.5 intel-mpi/18.0.5 netcdf
   
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/18.0.5   2) intel-mpi/18.0.5   3) netcdf/4.7.2-mpi

• Certains modules sont des raccourcis permettant de charger plusieurs modules en une seule opération. C'est le cas des modules nommés intel-all/XX.Y.Z, qui vont charger plusieurs modules définissant un environnement Intel complet pour une version XX.Y.Z choisie.
  Par exemple avec Intel 19.0.4 :

  $ module load intel-all/19.0.4
  Loading intel-all/19.0.4
    Loading requirement: intel-compilers/19.0.4 intel-mkl/19.0.4 intel-mpi/19.0.4
      intel-vtune/19.0.4 intel-advisor/19.0.4 intel-tbb/19.0.4 intel-itac/19.0.4
   
  $ module list
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) intel-compilers/19.0.4   4) intel-vtune/19.0.4     7) intel-itac/19.0.4  
   2) intel-mkl/19.0.4         5) intel-advisor/19.0.4   8) intel-all/19.0.4   
   3) intel-mpi/19.0.4         6) intel-tbb/19.0.4

Vous pouvez retirer un produit de votre environnement en utilisant la sous-commande unload; vous pouvez aussi supprimer tous les modules avec la sous-commande purge :

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/19.0.4   3) intel-mkl/19.0.4
 
$ module unload intel-mkl/19.0.4
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/19.0.4
 
$ module purge
$ module list
No Modulefiles Currently Loaded.

S'il s'effectue sans problème, le déchargement d'un produit ne renvoie aucune information.

Lorsque vous souhaitez changer la version d'un produit déjà chargé, vous pouvez utiliser la sous-commande switch :

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/18.0.5
$ module switch intel-mpi/19.0.4
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/19.0.4

Là encore, si tout se passe bien la commande ne renvoie aucun message.

Lors de la compilation de vos codes, même après avoir chargé le module adéquat pour utiliser une bibliothèque, il sera sans doute nécessaire de spécifier les librairies à utiliser lors de l'édition de liens.
Par exemple, pour compiler avec la bibliothèque mathématique HYPRE :

$ module load hypre
$ ifort -o test -lHYPRE test.f90

Notez que, par contre, les chemins vers les fichiers headers, les modules Fortran, les librairies statiques (.a) et dynamiques (.so) sont positionnés automatiquement, sans qu'il soit nécessaire de les préciser.

Pour tous ces points, en cas de problème, contactez le Support de l'Assistance.

Les travaux ciblant la partition gpu_p5 (extension installée en juin 2022 et équipée de GPU NVIDIA A100 80 Go) doivent utiliser des modules spécifiques/dédiés car les nœuds qui la composent sont équipés de CPU AMD alors que tous les autres nœuds de Jean Zay sont équipés de CPU Intel.

Attention : vous devez aussi recompiler vos codes avec les modules dédiés avant de les utiliser sur cette partition. Si vous prévoyez de lancer un code sur plusieurs partitions utilisant les 2 types de CPU (AMD et Intel), il est nécessaire de compiler des binaires distincts.

Important : les modules accessibles par défaut ne sont pas compatibles avec cette partition. Il est donc nécessaire de charger le module cpuarch/amd en premier pour avoir accès aux modules dédiés :

$ module load cpuarch/amd
$ module avail
------------------------------------------- /gpfslocalsup/pub/module-rh/modulefiles -------------------------------------------
arm-forge/19.1.1              intel-all/2019.5(19.0.5)   intel-itac/2020.1         intel-tbb/2019.6(19.0.4)        pgi/20.1  
arm-forge/20.1.2              intel-all/2020.0           intel-itac/2020.2         intel-tbb/2019.8(19.0.5)        pgi/20.4  
arm-forge/20.2.1              intel-all/2020.1           intel-itac/2020.3         intel-tbb/2020.0
[...]
 
----------------------------- /gpfslocalsup/pub/modules-idris-env4/modulefiles/linux-rhel8-x86_64 -----------------------------
anaconda-py2/2019.03  gcc/7.3.0               gcc/10.1.0-cuda-openacc  python/3.6.15  python/3.10.4             
anaconda-py3/2019.03  gcc/8.2.0               magma/2.5.4-cuda         python/3.7.3   pytorch-gpu/py3/1.11.0    
anaconda-py3/2020.11  gcc/8.3.0               nccl/2.9.6-1-cuda        python/3.7.5   sox/14.4.2                
anaconda-py3/2021.05  gcc/8.4.1(8.3.1)        openfoam/2112-mpi        python/3.7.6   sparsehash/2.0.3          
cudnn/8.1.1.33-cuda   gcc/9.1.0               openmpi/4.0.5-cuda       python/3.7.10  tensorflow-gpu/py3/2.8.0  
gcc/4.9.4             gcc/9.1.0-cuda-openacc  openmpi/4.1.1-cuda       python/3.8.2   
gcc/5.5.0             gcc/9.3.0               python/2.7.16            python/3.8.8   
gcc/6.5.0             gcc/10.1.0              python/3.5.6             python/3.9.12